甘肃宝石花医院眼科成立于1952年，现有医务人员21名，是医院的重点专科之一。目前拥有全球最先进的白内障超声乳化仪等高精尖眼科仪器23台，集医疗、教学、科研为一体，形成了一支临床经验丰富，理论知识扎实的优秀医疗队伍。

眼科1998年与省内三甲医院同期开展白内障超声乳化手术，大力倡导新技术、新业务，目前在各类型白内障、尤其是复杂性白内障超声乳化手术方面具备极强的优势。眼科为白内障患者提供个性化手术治疗方案，把白内障手术从治疗性复明手术真正转变为屈光性手术，达到省内领先、国内先进水平。科室经常邀请国内知名专家进行学术交流和指导。年手术量1000多例，年门诊量万余人次。连续六年手术量位居全院外科系第一。近几年住院患者量、手术量、床位使用率年增幅达15%左右。眼科在西北五省首家开展了泪小点栓塞术治疗干眼症，在青光眼治疗方面除了开展小梁切除手术，并与兰大二院同期开展世界上最先进的EXPRESS青光眼引流器植入术治疗难治性青光眼，均取得了良好的效果。科室不断的开展新业务、新技术来提升科室的核心竞争力。近期又完成了省内首例玻璃体腔傲迪适药物注射术.

眼科多次荣获医院先进科室、先进班组、先进职工之家、模范车间等荣誉称号。眼科护理组多次获得医院星级班组称号，连续两年获得优质护理服务标杆病房称号。